Ведомство считает, что фонд использует природоохранную деятельность «для реализации проектов, которые формируют угрозы безопасности в экономической сфере», например, пытается препятствовать «политическому курсу страны по промышленному освоению Арктики». Также Генпрокуратура утверждает, что фонд сформировал сеть подконтрольных организаций для сбора информации об экологической обстановке в регионах России и «подготовке „независимых“ оценок, направленных на сковывание экономического развития России».

Участие в деятельности нежелательной организации — уголовно наказуемо в России, за это гражданам грозит крупный штраф или лишение свободы на срок от одного до четырех лет.