Об этом в интервью изданию T-Invariant рассказал бывший проректор ВШЭ, ныне приглашенный исследователь центра Дэвиса в Гарварде Андрей Яковлев. По словам ученого, давление государства на ВШЭ ощущалось по меньшей мере с 2014 года, а к концу десятилетия начались массовые увольнения по политическим мотивам.

В начале 2019 года у Высшей школы экономики сменился «куратор» в ФСБ — вуз перешел из ведения службы экономической безопасности в ведение службы по защите конституционного строя и борьбы с терроризмом: «На совещании, посвященном новой концепции развития университета, [ректор ВШЭ Ярослав] Кузьминов представил трех человек, которые все это время сидели где-то сбоку: к нам дополнительно прикомандировали сотрудников, которые будут заниматься в первую очередь студентами, но могут в том числе прийти и в подразделения, так что будьте готовы побеседовать с коллегами».

Ректор ВШЭ объяснил тогда нововведения тем, что «происходит усложнение политической ситуации, и поэтому руководство попросило ФСБ о расширении взаимодействия».

В августе 2019 года студента ВШЭ Егора Жукова арестовали за участие в акции протеста и обвинили в организации массовых беспорядков, а затем переквалифицировали обвинение на «призывы к экстремизму» в интернете. В итоге Жукова приговорили к трем годам условно. В июле 2023 года суд в Москве отправил под домашний арест студентов ВШЭ Ивана Трофимова и Алину Олехнович по обвинению в экстремизме из-за связей со штабами Алексея Навального. Росфинмониторинг внес их в список «террористов и экстремистов».